Il "trapianto" di flora intestinale da un individuo sano è molto importante ed efficace per il trattamento dell'infezione da Clostridium difficile (una grave infezione che può dare ricadute ed essere ingestibile con gli antibiotici a causa delle resistenze ai farmaci).

Questa opzione terapeutica andrebbe implementata e resa disponibile, ma barriere istituzionali relative soprattutto all'assenza di una regolamentazione appropriata ne impediscono l'adozione nella pratica clinica. È quanto emerge dai lavori di una consensus conference europea, pubblicati sulla rivista Gut, cui ha partecipato un pool di esperti europei, riunitisi recentemente a Roma in occasione del corso "Fecal Microbiota Transplantation Dissemination Project".

Il trapianto di microbiota intestinale (conosciuto anche come "trapianto fecale") da donatore sano si sta rapidamente diffondendo nella pratica clinica in tutto il mondoe oltre che per il trattamento dell'infezione da Clostridium difficile si pensa possa avere un ruolo anche nella gestione terapeutica di altre patologie possibilmente associate con l'alterazione della flora batterica intestinale, per esempio le malattie infiammatorie intestinali, il colon irritabile, alcuni disturbi metabolici o addirittura neurologici (come l'autismo). Attualmente, la procedura viene effettuata in molti paesi europei. In Italia solo pochi ospedali sono in grado di offrire questa chance terapeutica.